مایع مغزی نخاعی
 مایع شفافی است که به صورت اولترا فیلتر از پلاسما تشکیل می شود. CSF در هر دو بخش داخل جمجمه و ستون فقرات وجود داشته، به طور مداوم توسط شبکه مشیمیه و با سرعت ثابت در داخل بطن های مغز ترشح شده و در فضای زیر عنکبوتیه مغز و نخاع از طریق مسیرهای CSF گردش می کند. حجم کل CSF در بزرگسالان تقریباً 140 میلی لیتر است و تولید روزانه آن به500ml می ­رسد. یعنی در هر 7-5 ساعت مایع موجود تعویض شده و با مایع تازه جایگزین می گردد؛ درنتیجه نتایج آزمایشگاهی بر روی این مایع ممکن است درزمان های مختلف کاملا متفاوت باشد. CSF مواد مغذی را تامین کرده و همچنین به حذف مواد مختلف مانند اسیدهای آمینه، انتقال دهنده های عصبی، محصولات جانبی متابولیک و سلول ها کمک می کند.
اندیکاسیون های جمع آوری CSF چهار دسته اصلی بیماری را شامل می شود: بدخیمی های سیستم عصبی مرکزی، بیماری های دمیلینه کننده، عفونت مننژ و خونریزی زیر عنکبوتیه.
معمولاً CSF با پونکسیون کمری ودر 3تا4 لوله ودر هر لوله 4-3 mL ( برای سل 10ml ) جمع آوری می شود. به طور کلی، لوله اول برای تجزیه و تحلیل بیوشیمیایی یا سرولوژیکی، لوله دوم برای آزمایش میکروبی و لوله سوم برای شمارش سلولی و افتراقی استفاده می شود. لوله چهارم ممکن است برای سیتولوژی یا سایر آزمایشات تخصصی مورد استفاده قرار گیرد.

باید دقت کرد که به محض نمونه­ گیری، نمونه به آزمایشگاه انتقال داده شده و در سریع­ترین زمان ممکن و حداکثر در عرض یکساعت آنالیز آن انجام شود. تاخیر درانجام آزمایش برروی مایع مغزی نخایی موجب کاهش درصد نوترفیل ها می شود (کاهش نوتروفیل تا 70 درصد در تاخیر بیش از دو ساعت). همچنین لوله مربوط به کشت را به هیچ وجه نباید در یخچال قرار داد.
در حالت روتین آنالیز مایع CSF به 3 دسته بررسی دید مستقیم، کشت و تست­های بیوشیمیایی تقسیم می­شود. اما مطابق با درخواست پزشک معالج می توان علاوه برموارد فوق، مایع را از نظر سرولوژی، سیتولوژی، تشخیص مولکولی... مورد بررسی قرار داد.
بررسی مستقیم:
به دو حالت ماکروسکوپی و میکروسکوپی انجام می ­شود. در روش ماکروسکوپی، رنگ، شفافیت و ویسکوزیته نمونه گزارش می ­گردد.  گزانتوکرومیا (به معنی رنگی بودن مایع رویی پس ازسانتریفیوژ) حالتی است که درصورت مشاهده حتما باید گزارش  گردد زیرا ممکن است دلالت بر خونریزی مغزی داشته باشد. اما در روش میکروسکوپی شمارش RBC و WBC موجود در CSF انجام شده و در عین حال شمارش افتراقی WBC نیز گزارش می شود.​​​​​​​​​​​​​​
شمارش مایع CSF معمولا با استفاده از لام نئوبار انجام می ­شود. جهت انجام آن ابتدا باید مشخص شود که نمونه نیاز به رقیق­ سازی دارد یا خیر. با توجه به میزان کدورت و یا بررسی با لام معمولی می­توان تصمیم گرفت که رقیق ­سازی با چه رقتی انجام گردد. در مرحله بعد بر روی لام نئوبار، لامل سنگی قرارداده شده و پس از مخلوط کردن مناسب نمونه،10 میکرولیتر از نمونه را بین لام و لامل قرار داده و پس از5 دقیقه زمان جهت استقرار  سلول­ها در کف لام خوانش انجام می شود. ​​​​​​​

ابتدا  با عدسی 10 تراکم سلول­ها در قسمت­های مختلف بررسی می ­شود؛ در صورتی­که سلول ها توزیع یکسانی داشته باشند شمارش آن­ها با عدسی 40 در یکی از مربع­های 16 خانه ­ای کافی است. اما اگر توزیع، یکسان نباشد بهتر است هر 4 مربع 16 خانه ­ای شمارش شده و میانگین آن­ها محاسبه گردد. عدد به دست آمده در ضریب ثابت 10 ضرب می­ شود. در صورت رقیق­ سازی، عدد فوق باید به ضریب رقت نیز ضرب شود. 
درصورتی که نمونه حین نمونه­ گیری آلوده به خون شود عدد به دست آمده در شمارش WBC را باید با توجه به مقادیر CBC، و طبق فرمول زیر اصلاح کرد:
WBC Corrected (گلبول سفید اصلاح شده)= گلبول سفید (WBC) شمارش شده منهای:
  [(CSF RBC/Blood RBC) ×Blood WBC]​​​​​​​
مثال: فرض کنید یک بیمار به ازای هر میکرولیتر دارای 70 هزار RBC در   CSF و 5 میلیون RBC  در خون باشد. همچنین، تعدادگلبولهای سفید شمارش شده در CSF، و خون بیمار به ترتیب 100 و 7000 در هر میکرولیتر است. با استفاده از فرمول بالا، می‌توان WBCcorrected را به صورت زیر محاسبه کرد:
WBCcorrected = 100 - [(70000 / 5000000) × 7000] = 2/μl
​​​​​​​ وجود گلبول های سفید در CSF، به استثنای تعداد بسیار کمی گلبول سفید تک­ هسته ­ای، غیر طبیعی می باشد.​​​​​​​

جهت شمارش افتراقی سلول ها نمونه را در دور کم (rpm1200) به مدت 15-10 دقیقه سانتریفیوژ نموده و از رسوب حاصله اسمیر تهیه می شود، سپس رنگ آمیزی رایت یا گیمسا به روی آن انجام شده و  سلول­ها به صورت درصد گزارش می گردد. جهت بررسی میکروسکوپی CSF از نظر باکتری، از رسوب مایع اسمیر تهیه شده و رنگ آمیزی گرم انجام می شود.وجود لکوسیت­ های پلی­ مورفونوکلئر (مخصوصا نوتروفیل­ ها) نشان دهنده آبسه مغزی و یا مننژیت باکتریایی است. در صورتی که در اسمیر تهیه شده لکوسیت­ های تک­ هسته ­ای در اکثریت باشند، مننژیت ویروسی یا سلی و یا آنسفالیت مطرح خواهد بود. لوسمی یا سایر تومورهای بدخیم اولیه یا متاستاتیک نیز ممکن است باعث افزایش WBC بشوند.​​​​​​​
کشت CSF:
محیط­های کشت باکتریولوژیک شامل یک محیط شکلات­آگار، بلادآگار، EMB و یک محیط کشت مایع مغذی مانند تیوگلیکولات فاقد معرف است. محیط شکلات­آگار جهت جداسازی ارگانیسم­های پرنیاز مثل هموفیلوس­آنفلوانزا و نایسریا­مننژیتیدیس می­باشد. بعد از مخلوط کردن رسوب و تهیه اسمیر، به هر یک از محیط­های کشت از این رسوب به اندازه یک قطره اضافه می­شود. محیط­های کشت جامد حداقل به مدت 72 ساعت در ℃37 و در اتمسفر 10-5 % CO2 (جار شمع­دار) نگه­داری می­شوند.
​​​​​​​اگر احتمال مننژیت قارچی برود، آزمایشگاه باید کشت­ها را از نظر وجود قارچ بررسی نماید.

شمارش افتراقی WBC در حالت نرمال

برای کشت CSF از نظر عوامل قارچی لازم است که دو قطره از رسوب مایع به دو محیط سابرودکستروز­آگار  و یا دو محیط عصاره مغز و قلب حاوی 5% خون گوسفند، اضافه شود. محیط­های کشت قارچ می­بایست در مجاورت هوا به مدت 4 هفته و در دمای ℃ 30 و ℃ 35 نگه­داری و بررسی شوند.
تست­ های بیوشیمیایی:
جهت انجام تست­های بیوشیمی مایع CSF باید با دور rpm 2000 و به مدت حداقل 5 دقیقه سانتریفیوژ شده و مایع رویی مورد بررسی قرار گیرد. بطور معمول، اندازه­ گیری گلوکز و پروتئین برای پزشک اهمیت داشته و حتی اگر توسط پزشک درخواست نشده باشد، بهتر است آزمایشگاه این دو مارکر را اندازه ­گیری نماید.  از تست­ های دیگری که ممکن است درخواست گردد می­ توان به اندازه­ گیری LDH، کلرید، لاکتیک اسید، گلیسین، گلوتامین، شاخص­های توموری(مثلآلفافیتوپروتئین، β-HCG و CEA )اشاره کرد.
​​​​​​​​​​​​​​باید دقت نمود که غلظت پروتئین CSF نسبت به خون و سایر مایعات بدن بسیار کمتر  و غلظت آن در حالت عادی در حد میلی­ گرم است. بنابراین نباید با روش  های مشابه اندازه ­گیری شود. درصورت خونی بودن مایع می توان از فرمول زیر برای اصلاح پروتئین اندازه گیری شده استفاده کرد:
پروتئینی که دراثرخونریزی اضافه شده  =
​​​​​​​ [Serum protein × (1− HCT)] × RBC CSF/ RBC Blood
​​​​​​​